ドラえまんです。
ご存知のようにミミズに限らず、土の中には大小取り混ぜてありとあらゆる生物が棲んでいます。なかには毒虫や破傷風菌などのように人間にとって有害なものもあると思います。でも、土いじりは大人にとっても子供にとってもとても楽しいものです。傷がある時はなるべくいじらないとか、土をいじったあとは必ず手を洗うとかの基本的なことを守れば心配ないのではないでしょうか。
濃紺色のミミズ（シーボルトミミズ）では噴射する液が目に入ると炎症を起こすようです。これだけは気をつけたほうがいいかもしれません。
ちなみに私は子供の頃から、大きいミミズを平気で素手でつかまえてさんざん遊んでいましたが、異変があったことはありませんでした。
ありきたりの答えですみません。